公司因员工冲突扣全体工资不合法。依据《劳动法》，用人单位不得无故克扣工资。此行为侵犯员工权益，可能导致员工生活困难及劳动关系紧张。
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处理此问题可申请劳动仲裁或诉讼。建议先与用人单位沟通，若无果则考虑劳动仲裁；若涉及严重侵权，可直接提起诉讼以维权。
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公司扣工资不合法。操作如下：1.收集证据，如劳动合同、工资条等；2.尝试与公司协商，要求恢复工资；3.若协商无果，向劳动仲裁委申请仲裁；4.仲裁不满，可向法院提起诉讼，要求赔偿。